Der Codex Laureshamensis vermerkt im Jahre 891 oder 892, dass ein gewisser Wolbrandt dem Kloster vier Hofgüter in Mulnhusen schenkt; wahrscheinlich handelt es sich dabei um unser Mühlhausen. Von den Ortsadligen, Ministerialen der Enzgaugrafen tritt 1120 ein Marquard von Mühlhausen auf. Im 13. Jahrhundert ist das Dorf reichsunmittelbar und bemüht sich in langen Prozessen, seine Reichsfreiheit zu behaupten. Kaiser Wenzel unterwirft jedoch 1381 das Dorf der Gerichtsbarkeit des Klosters Maulbronn, was 1444 von Kaiser Friedrich III. und 1479 von Pfalzgraf Ludwig bestätigt wird.

Der schwelende Streit um die Reichsfreiheit mündet schließlich 1484 in einem Schiedsvertrag zwischen dem Kloster Maulbronn und Mühlhausen. 1508 verkauft Maulbronn den Ort an den Erbmarschall Thumb von Neuenburg. Kaiser Maximilian bestätigt den Verkauf in einem Lehnsbrief und bringt darin zum Ausdruck, dass Mühlhausen ein freies Reichsdorf war. Der Ort hatte 1 1/2 Soldaten zum Reichsheer zu stellen.

Das Schloss wird 1566 erbaut. 1648 erwirbt Johann von Hohenfeld das Dorf. 1689 geht es durch Heirat an die Freiherren von Stein. Herzog Carl Eugen von Württemberg kauft 1785 das Dorf von den Stein´schen Töchtern. Damit ist auch der letzte beim Reichshofgericht in Wien angestrengte Prozess um die Reichsfreiheit zu Ende.

Die dem heiligen Albanus geweihte Kirche ist romanischen Ursprungs. Sie wird 1231 kirchenrechtlich dem Kloster Maulbronn unterstellt. 1458 und 1526 werden Umbauten im gotischen Stil vorgenommen, weitere 1759, 1772 und 1912.

Die Anfänge der Schule gehen zurück in die Reformation zur Zeit Friedrich Thumbs von Neuenburg. Um 1790 wurde die Schule im jetzigen Gasthaus zum Löwen von etwa 100 Kindern besucht. Das Schulhaus von 1836 ist jetzt Lehrerwohnung. Die heutige Schule wurde 1886 errichtet, 1911 erweitert.

Mühlhausen ist seit 1972 ein Stadtteil von Mühlacker.